Para além das linhas de investigação, de enquadramento mais geral, os trabalhos de pesquisa de alguns investigadores desenvolvem-se ainda no âmbito de núcleos internos de pesquisa:
Núcleo de Antropologia da Religião (NAR)
Núcleo de Antropologia da Saúde (NAS)
Núcleo de Antropologia Visual e da Arte (NAVA)
Núcleo de Estudos da Infância e Juventude (NEIJ)
Núcleo de Estudos do Ambiente (NEA)
Núcleo de Estudos em Contextos Islâmicos (NECI)
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